Caso os gestores públicos não apliquem os percentuais mínimos do Fundeb, estes estão sujeitos a sofrer penalidades. Caso estejam ocorrendo “sobras” significativas dos recursos de 70% do Fundo, a principal orientação feita pelo Ministério da Educação (MEC) e do Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE) é para que atualizem o Plano de Carreira dos Profissionais da Educação e aumentem os salários dos profissionais do Magistério. Caso as sobras persistam, estas podem ser devolvidas em forma de abono salarial ou abono do fundeb.